菌群转移柱状图能够直观展现样本跟着冷藏时辰的拉长○▲，微生物物种构成及比例的转移状况○○。通过比照数据库▲，对OTU举办物种分类，并分散正在门、纲、目、科、属程度作上风物种相对丰采柱状图（丰采占比小于1%的物种归类为others）○○。

　　跟着冷藏时辰的拉长▲○，鱼肉中紧要菌属由9 种添补至12 种，随后渐渐递减为假单胞菌属、希瓦氏菌属○▲，行动水产物中常睹的上风溃烂菌▲，每每正在溃烂流程中施展着主要功用○○。正在0 d，上风溃烂菌属（相对丰采＞1%）有假单胞菌属、链霉菌属、希瓦氏菌属、梭菌属、鞘氨醇单胞菌和黄杆菌属等，3 d添补了不动杆菌属、苯基杆鞘氨醇菌属和食酸菌属；6 d仅存正在假单胞菌属、链霉菌属、希瓦氏菌属和梭菌属；9～15 d假单胞菌属和希瓦氏菌属占比分散超越86.40%和12.24%，成为最优菌属。

　　菊黄东方鲀（Takifugu flavidus）属鲀形目、鲀科、东方鲀属。其肉质细嫩，滋味鲜美，养分充裕，卵白质含量高，同时富含众种必定氨基酸和钾、磷、钙等众种矿物质。因为菊黄东方鲀体内卵白质和水分含量较高▲，容易受到外源微生物的侵染▲○，少个别微生物正在鱼体内陆续孳生 ，神速滋长成为鱼体的特定溃烂菌，紧张影响鱼肉的品德和储藏期○。 高通量测序本领行动一种免培植的分子生物学本领○▲，通过提取样品中微生物的DNA或RNA举办生物音信学说明，从而获得全部的群落众样性音信。 高通量测序本领正在河鲀中的利用紧要正在于探究河鲀肠道微生物的菌群布局散布▲○。

　　通细致菌V3～V4区的测序，对各样本数据举办质控过滤，获得有用数据。从河鲀鱼肉共检出70.80众万条有用序列，均匀长度正在380～398 碱基对，正在形似度97%的程度进步行归类操作，发明样品正在种属程度上分类，共聚成2 026 个可操作分类单位（OTU）。 如图3、4所示，当测序量低于10 000时○▲，稀释弧线大白明显上升趋向，当测序数目渐渐添补达 到40 000时，且Shannon弧线依然完整到达饱和形态，注释细菌众样性依然获得充溢展现，不会再爆发转移，本磋议测序量知足后续生物音信学说明恳求。

　　如外1所示，河鲀鱼肉的Chao1指数正在第3天到达最大值▲，随后渐渐减小▲，注释河鲀冷藏3 d细菌群落的OTU数目最众，菌群丰采最大；Simpson指数越小，菌群众样性越高，鱼肉正在第3天的Simpson指数为0.20，此时菌群众样性最高，随后下降 ，注释跟着冷藏时辰的拉长，处境中氧含量渐渐下降，卵白质等大分子被解析▲▲，为上风物种的疾捷滋长供应要求，同时按捺了个别微生物的滋长，导致后期众样性和充裕度消重▲。

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　　总体而言，正在冷藏功夫转移较大的菌属紧要有假单胞菌属、链霉菌属、希瓦氏菌属○○，此中链霉菌属仅正在前6 d占比力大，而9 d后比例神速消重直至消亡；希瓦氏菌属正在6 d最先神速拉长，正在第9天到达最大比例▲○，随后渐渐节减；假单胞菌属冷藏初期的比例较低，正在后期霸占比例超越86.40%○，成为上风溃烂菌。综上剖明○，菊黄东方鲀正在0 ℃冷藏流程中存正在着庞杂的菌群转移，且跟着冷藏时辰的拉长，溃烂微生物品种更趋于鸠集简单化○▲，正在冷藏末期分散纯化获得的上风溃烂菌为假单胞菌属和希瓦氏菌属。

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　　如图1所示，正在储藏流程中冷藏菊黄东方鲀的TVC渐渐添补，5 d到达了4.93（lg（CFU/g）），靠拢生鱼肉可食用上限值，而正在11 d TVC升至7.32（lg（CFU/g）），超越食物中微生物的最高限值7.00（lg（CFU/g））▲○，于是能够注释菊黄东方鲀正在冷藏状况下能储藏5 d○▲，冷藏到11 d依然溃烂。

　　如图2所示，跟着冷藏时辰的拉长，微生物数目陆续添补，推进了卵白质降解○▲，使得菊黄东方鲀的TVB-N值从7 d往后神速添补○▲，到9 d TVB-N值添补到12.16 mg/100 g，到达上限值；到11 d TVB-N值已超越可承受上限值。

　　本文《基于Illumina MiSeq测序本领探究冷藏菊黄东方鲀菌群演替秩序 》出处于《食物科学》2023年44卷第18期149-156页，作家： 曾鹭▲○，刘淑集，陈 晓婷▲○，林河通，刘智禹 。DOI: 10.7506/spkx1002 --082 ○。点击下方 阅读原文 即可查看作品合系音信。

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　　如外2所示▲○，荧光假单胞菌和产氮假单胞菌的产量因子分散为1.05×10－9 、3.05×10-10 mg/CFU，明明高于希瓦氏菌属▲，致腐才力更强。菊黄东方鲀冷藏功夫爆发的溃烂菌的致腐才力由高到低递次为荧光假单胞菌、产氮假单胞菌、哈夫尼希瓦氏菌、波罗的海希瓦氏菌。该实行结果与倪荣和于淑池等的磋议结果形似。

　　养殖菊黄东方鲀正在0 ℃冷藏流程中鱼肉的菌群转移充裕○，正在门程度上检测到占比力大的菌门○○，分散有变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria_Chloroplast）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）等，正在纲程度上检测到了变形菌纲（Gammaproteobacteria）、叶 绿 体 纲（ Chloroplast ） 、 α-变 形 杆 菌 纲（Alphaproteobacteria）和梭菌纲（Clostridia）等。从图5a能够看出inaMiSeq测序技能探究冷藏菊黄东方鲀菌群演替秩序，正在冷藏前期，蓝细菌门正在鱼肉微生物菌群中的占比最大▲○，到达56.60%，其次为未分类的细菌○，所占比例为9.31%▲。跟着冷藏时辰的拉长，蓝细菌门比例明显下降，由46.51%节减至1.22%，而变形菌门的比例则明显拉长，从15.90%拉长至96.50%（15 d），冷藏功夫最高占比为99.28%○，成为菊黄东方鲀冷藏功夫的上风菌门。

　　所得序列举办BLAST说明，挑选同源性超越99%的菌株序列构修体例进化树▲。图8所示即为最高形似度菌种名称及其登录号▲▲，10株菌株分散是波罗的海希瓦氏菌（S. baltica）、哈夫尼希瓦氏菌（S. hafniensis）、希瓦氏菌属（ Shewanella sp. ）、液化沙雷氏菌 （S. liquefaciens）、维氏气单胞菌（A. veronii）、P. extremorientalis、产氮假单胞菌（P. azotoformans）、荧光假单胞菌（P. fluorescens）、杰氏假单胞菌（P. jessenii）、隆德假单胞菌（P. lundensis）。此中希瓦氏菌和假单胞菌的比例比力高，合适菌相转移秩序。

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　　操练编辑；宁波大学食物与药学学院 俞逸岚；义务编辑：张睿梅▲《食物科学》：福筑农林大学林河通老师等：基于Illumina MiSeq测序技能探究冷藏菊黄东方鲀菌群演替秩序。点击下方阅读原文即可查看全文▲○。图片出处于作品原文及摄图网。

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　　福修农林大学食物科学学院的曾鹭、林河通*和福修水产磋议所的刘智禹*等人 以菊黄东方鲀冷藏流程的菌落总数（TVC）和挥发性盐基氮（TVB-N）值测定结果为根据，确定储藏尽头，通过高通量测序本领说明养殖菊花东方鲀鱼肉正在冷藏前期（0～3 d）、中期（3～6 d）、后期 （6～15 d）的菌相演替转移秩序，最终确定菊黄东方鲀冷藏功夫的上风溃烂菌及其致腐才力○，以期为后期靶向按捺及品德负责供应外面根据○○。

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　　通过守旧培植基法对菊黄东方鲀冷藏末期的溃烂菌举办分散纯化，共筛选出10株菌株○○，经16S rDNA测序本领审定为假单胞菌属和希瓦氏菌属，合适菌相转移秩序，进而验证高通量测序结果的切实性○，并对常睹几种菌举办致腐才力说明，发明荧光假单胞菌的致腐才力最强，产氮假单胞菌次之▲，最弱的哈夫尼希瓦氏菌和波罗的海希瓦氏菌▲，二者致腐才力相当。本磋议旨正在为靶向抑菌、拉长菊黄东方鲀的货架期供应外面根据。

　　通盘储藏流程纲程度的相对丰采散布状况与门程度形似，然则正在纲程度中呈现了更众的细分○，变形菌门紧要分为α-变形菌纲、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）和γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria），厚壁菌门紧要细分为梭菌纲和芽孢杆菌纲（Bacilli），拟杆菌门包罗黄杆菌纲（Flavobacteriia）和鞘脂杆菌纲（Sphingobacteriia）（图5b）▲○。

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　　从冷藏菊黄东方鲀末期共筛选出10株菌▲，分散定名为J1、J2、J3、J4、J5、J6、J7、J8、J9《食物科学》：福筑农林大学林河通老师等：基于Illumina MiSeq测序技能探究冷藏菊黄东方鲀菌群演替秩序，、J10▲，其菌落样子公众显露为滑润、周围划一、隆起、易挑起，然则菌落巨细纷歧， 颜色有白色和淡黄色的区别。以1.70%琼脂糖凝胶电泳检测菌落纯度，如图7所示，各菌株均呈现了简单条带▲▲，显示PCR扩增较凯旋，能够用于后期测序。

　　依照0 ℃冷藏流程中菊黄东方鲀鱼肉的TVC和TVB-N值测定结果○，得出其冷藏尽头为5 d○▲。运用高通量测序本领对菊黄东方鲀冷藏功夫鱼肉的菌相转移举办磋议，发明鱼肉正在冷藏初期菌群众样性指数高▲○，而冷藏末期菌属较为简单，假单胞菌属和希瓦氏菌属占比 较大○▲，故将其剖断为菊黄东方鲀冷藏功夫的上风溃烂菌，此中假单胞菌属比例远高于希瓦氏菌属▲，是导致鱼体溃烂的紧要溃烂菌。